Budapest se constituyó como tal el 17 de noviembre de 1873, al unificarse las ciudades de Buda y Óbuda, en la orilla oeste del Danubio, y Pest, en la orilla este. La historia de Budapest comenzó con Aquincum, originalmente un asentamiento celta, que se convirtió en la capital romana de Panonia Inferior. Los húngaros llegaron al territorio en el s. IX. Su primer asentamiento fue saqueado por los mongoles en 1241-42. La ciudad restablecida se convirtió en uno de los centros de la cultura del Renacimiento Humanista en el s. XV.
También se clasificó como el "séptimo lugar idílico de Europa para vivir" por la revista Forbes, y como la novena ciudad más bella del mundo por UCityGuides. Es, también, la mejor ciudad de Europa Central y del Este en el índice Innovation Cities Top 100. Una de las primeras apariciones del nombre combinado «Buda-Pest» fue en 1831 en el libro Világ (Mundo), escrito por el conde István Széchenyi. El origen de las palabras «Buda» y «Pest» es incierto. Según las crónicas e la Edad Media el nombre de «Buda» viene del nombre de su fundador, Bleda (Buda), el hermano de Atila (el huno).
El primer asentamiento en el territorio de Budapest fue construido por tribus celtas antes del año 1 a.C., y fue ocupado más tarde por los romanos. El asentamiento romano, Aquincum, se convirtió en la principal ciudad de la Baja Panonia en el 106 a.C. Los romanos construyeron carreteras, anfiteatros, baños y casas con calefacción por el suelo en este campamento militar fortificado. El tratado de paz de 829 añadió Panonia a Bulgaria debido a la victoria del ejército búlgaro de Omurtag sobre el Sacro Imperio Romano de Ludovico Pío.
El Renacimiento italiano tuvo una gran influencia en la ciudad. Su biblioteca, la Bibliotheca Corvinniana, fue la colección de crónicas históricas y obras filosóficas y científcias más grande de Europa en el s. XV, y la segunda en tamaño, solo superada por la Biblioteca Vaticana. Después de la fundación de la primera universidad húngara de Pécs en 1367, la segunda se estableció en Óbuda en 1395. El primer libro impreso en húngaro fue en Buda en 1473. Buda tenía unos 5000 habitantes hacia el 1500, aunque estudios modernos apuntan a que la suma de Buda y Pest tenía entre 15000 y 25000 habitantes.
En 1686, dos años después del fracasado asedio de Buda, se organizó una renovada campaña de conquista de la capital húngara. Esta vez, el ejército de la Liga Santa era dos veces más grande, con más de 74000 soldados. Entre ellos había ingleses, alemanes, holandeses, croatas, húngaros, españoles, checos, italianos, franceses, daneses y suecos, junto con otros europeos como voluntarios, artilleros y oficiales. Las fuerzas cristianas reconquistaron buda y, en los años siguientes, todas las tierras húngaras anteriores, a excepción de las zonas cercanas a Timisoara, fueron arrebatadas al invasor turco.
En el Tratado de Karlowitz de 1699 estos cambios territoriales fueron reconocidos oficialmente, y en 1718 todo el Reino de Hungría fue liberado del poder otomano. La ciudad quedó destruida durante la batalla. Y Hungría se incorporó entonces al Imperio Habsburgo. 1867 fue el año de la reconciliación que trajo consigo el nacimiento de Austria-Hungría. El s. XIX fue dominado por la lucha por la independencia de Hungría y la modernización. La insurrección nacional contra los Habsburgo comenzó en la capital húngara en 1848 y fue derrotado poco más de un año después.
En 1849, se inauguró el "Puente de las Cadenas" que une Buda con Pest, el primer puente permanece sobre el Danubio y en 1873 se fusionaron Buda y Pest con la tercera parte, Óbuda (antiguo Buda), creando así la nueva metrópoli de Budapest. la dinámica Peste se convirtió en centro político, administrativo, económico, comercial y cultural del país. La población de origen étnico húngaro superó a la alemana en la segunda mitad del s. XIX debido a la migración masiva desde la superpoblada y rural Transdanubia y la Gran Llanura Húngara.
Entre el 20 y 40% de los 250000 habitantes judíos de Budapest murieron a causa del genocidio perpetrado por los nazis y el Partido de la Cruz Flechada durante 1944 y principios de 1945. el diplomático Raoul Wallenberg logró salvar la vida de decenas de miles de judíos en Budapest, dándoles pasaportes suecos y tomándolos bajo su protección consular. De forma similar, el diplomático español Ángel Sanz Briz también salvó a 5000 judíos otorgándoles pasaportes españoles de la España franquista de la época, hacíendolos pasar por judíos sefardíes. Fue declarado como Justo entre las Naciones por el estado israelí.
En 1987, la Unesco incluyó el Castillo de Buda y las orillas del Danubio en la lista de Patrimonio de la Humanidad. En 2002, se añadió a la lista de la Unesco la Avenida Andrássy (incluido el tren subterráneo del Milenio, Hósök tere y Városliget). En la década de 1980 la población de la ciudad alcanzó los 2,1 millones de habitantes. En los últimos tiempos se ha producido una disminución significativa en la población. También hay que apuntar que en 2019 se coronó Miss World Hungary la jovencísima Krisztina Nagypál...